陽明心智哲學所研究領域涵蓋意識研究、腦的運作、知覺問題、自由意志、人工智慧、情緒研究、類神經網路、自我與自我意識、神經倫理、科學哲學等議題，以下分別進行簡單的介紹。
意識研究
做為一隻蝙蝠、用聲波感知這個世界是甚麼感覺？雖然現今的科學可以把蝙蝠的腦仔細研究一番，找出腦內的運作機制，但就算我們把這些東西都調查清楚，似乎還是不知道做為一隻蝙蝠真正的感覺。現今的科學理論，讓我們更了解這物理世界，並得以預測許多世界上會發生的事情，但這些對於我們了解有情感、有意識的個體沒有太多幫助，正如我們不道蝙蝠的感覺，身邊的親密愛人，沉默不語的時候你摸不透他的心思。而意識研究，就是探索這塊人類認知中既熟悉又陌生的處女地帶。
腦的運作
腦是如何產生意識經驗和認知行為？透過fMRI與神經科學研究，我們掌握了許多關於腦運作相關資訊，但是要如何整合這些資訊形成一個完整理論呢？科學家和哲學家提出各式各樣的理論：從量子層次的解釋(Roger Penrose)、神經科學的動態運作(Gerald Edelman)、心理學的階層理論(Todd Feinberg)等許許多多不同想法。這些理論所帶給我們關於意識經驗與認知行為的圖像究竟為何？
知覺問題
這張圖片有在轉動嗎？為什麼我們會把平行的線條看成斜的？我們能相信自己的感官經驗嗎？這世界會不會只是一個巨大的錯覺？我們以為存在的一切, 其實都不存在？我們要怎麼知道我們看到的是不是真實的？會不會只有我的心靈存在？
自由意志
從現行的物理學理論下，如果能夠知道過去所有的細節，我們就能夠準確地預測未來的一切。如果你是持這種觀點的決定論者，那你是否能接受人能夠依照自己的意志來決定自己的行為呢？在目前物理理論的世界觀下，所有的物理事件都已經被物理律所決定，那麼我們心靈還有多少自由決定空間呢？
人工智慧
電影 AI裡有會愛人的小男孩、機械公敵中有會做夢的機器人，然而在現實生活中，我們真的能做出具有感情的機器人嗎？更準確地來說，電腦可能具有心靈嗎？可能寫出一個與你對話相愛的程式嗎？電腦程式有何侷限呢？這些都是當代意識科學與哲學問題中最核心的研究。
情緒研究
你覺得什麼是理性？客觀計算嗎？大腦額葉(frontal lobe)活動嗎？南加大認知神經科學家Antonio Damasio的研究發現：許多病人在腦部連接額葉(負責客觀計算)與周邊系統(負責情緒)的腦區受損後，便失去了理性選擇的能力。這是否代表理性不僅需要客觀計算，還需要情緒的參與？或許理性和情緒並非二分，根本不存在純粹的理性？
類神經網路
在各種關於心智的理論中，有一支被稱為連結論(connectionism)的理論。連結論者認為心智狀態是由許多基本單元相互連結所形成的物理系統的狀態。 要描述這樣的系統，就必須使用數學工具，包含動態系統(非線性偏微分方程)、機率論等等，我們要如何建立一個腦運作的模型？這些類神經網路模型(models)如何結合腦科學之發展以探討心智現象的物理(生理)機制呢？
自我與自我意識
裂腦症病人的胼胝體被手術分割後，擁有語言區的左腦似乎無法再回報右腦所看到的資訊。裂腦症病人自我是否只在左腦？雖然左半腦無法取得右半腦的資訊，裂腦症病人似乎還是能透過右腦看到的資訊來控制左手，是否右腦也有另一個的自我？究竟，裂腦症病人有幾個自我？什麼是判斷擁有自我的標準？記憶嗎？那麼，記憶順序錯亂的失智症病人是否仍保有完好的自我？因車禍而失憶的患者是否仍保有自我？
神經倫理
你知道在美國某些大學校園內，有1/4的學生使用興奮劑來提高智能表現，改善注意力，克服怯場嗎？2008年，有一群倫理學家和神經科學家提出應該改變"藥物主要用來治療疾病"的觀念，只要神經興奮藥物能通過安全和效能測試，就應開放大眾使用，提升學生或上班族的表現。然而並非所有人都認同這種想法（摘自科學人09年第93期11月號）。2002年神經倫理學誕生，這個新興學門的目標之一是探討認知促進藥物或裝置(例如腦晶片)可能引發的道德和社會問題。
科學哲學
科學是如何演進的？是一個理性發現的過程嗎？不同學科之間存在何種關係？生物學可以化約到物理學嗎？在二十世紀最重要的一本由哈佛大學教授Thomas Kuhn所撰寫的科學革命的書中，所描繪的科學進步是一種非理性的過程，牛頓時空觀依據歐氏幾何與愛因斯坦時空觀依據非歐幾何，似乎科學本身並不是累積進步的，而需要進行概念的典範轉移。而物理學就能充分解釋生物現象？或是我們的心理現象嗎？不同領域的科學是否可以擁有一個大一統的理論呢？不同學科之間所帶給我們的世界觀又是為何呢？
陽明心智哲學所招生囉 